随着污水处理行业的发展，政府的职能也要发生转变。作为管理者，政府的目标是建立整个市场的运行规则、维护市场秩序。不是仅针对具体的企业个体运营情况，而是以行业的规则进行监督，以保障污水处理行业健康、有序的发展。此外，政府应逐渐从污水处理行业的管理者向污水处理行业的服务者转变；加大宣传，提高公众对污水集中处理的认可；在废水的处理过程中，加强社会监督，保障公民的知情权，使居民认识到污水处理对城市的巨大作用，东莞市东隆环保科技水处理配件先生分析称。
其次，要提高用水效率，鼓励污水处理厂排水回用。再生水是指城市污水经处理后达到一定的水质标准、可在一定范围内重复使用的非饮用水。
污水处理厂的出水在一定条件下可作为再生水供城镇使用，为城镇提供一个稳定的水源口。城市污水的再生和回用能有效缓解水环境污染和水资源短缺的矛盾。随着城市污水处理量的加大，污水回用不仅可以为城市提供水源，减轻水环境污染，还能为污水处理厂提供一部分运营资金，保障城市污水处理厂的正常运转。
此外，还应做好规划布局，加快污水管网建设。城市规模的迅速扩大，城镇居民的生活污水排放量日益增大，但城市基础设施建设特别是地下排水管网建设滞后，管径小、排污能力低，使污水管网长期满流处于超压状态。同时，城市污水管网建设与污水处理厂建设脱节已是现有污水处理厂运转的制约因素之一。因此加快完善管网建设步伐，才能使现有污水处理高负荷运转并满足未来城市污水收集的需求。
“除了这些客观因素。最重要的因素还是人。”采访中一位业内人士说，目前的污水企业，大都由政府投资、政府拨款，似乎没有人真正愿意为厂子是否盈利负责，无论厂子亏损或者盈利似乎都和管理者无关。“也许有一天，当政府实施问责制的时候，就不会有那么多污水处理厂亏本经营了。”